工場での畜産は人間の健康に対する大きな脅威であり、無頓着で不衛生な活動の結果である。最も深刻な問題の1つは家畜における抗生物質の乱用であり、過密状態とストレスの多い環境での病気を防ぐためにこれらの工場で広く使用されている。この激しい使用は抗生物質に耐性を持つ細菌の形成につながり、感染者との直接の接触、感染した製品の消費、または水や土壌などの環境源から人間へと伝達される。これらの「スーパーバグ」の拡散は、過去に簡単に治療できた感染症を投薬に耐性を持たせたり、場合によっては治療不能にしたりするため、世界の健康に対する大きな脅威である。さらに、工場畜産は人獣共通感染症の発生と拡散に最適な環境を作り出している。これは動物から人間へと感染する病気である。サルモネラ菌、大腸菌、キャンピロバクターなどの細菌は汚れた工場畜産の住人であり、その拡散は肉、卵、乳製品におけるそれらの存在の可能性を高め、食中毒やアウトブレイクを引き起こす。微生物リスクのほかに、工場で飼育された動物製品はしばしば飽和脂肪やコレステロールを多く含み、肥満、心血管疾患、2型糖尿病などのいくつかの慢性疾患を引き起こす。さらに、家畜における成長ホルモンの過剰使用は、ホルモンバランスの乱れや、これらの製品を消費する人間の長期的な健康影響についての懸念を引き起こしている。工場畜産による環境汚染もまた、近隣のコミュニティの健康に間接的に影響を及ぼす。動物の排泄物が飲料水に危険な硝酸塩や細菌を浸透させ、胃腸障害やその他の健康問題を引き起こすためである。これらの危険は、公衆衛生を守るために食料生産の方法を直ちに変更する必要性と、より安全で持続可能な農業方法の推進を強調している。