การทำฟาร์มแบบโรงงานสร้างความเสี่ยงอย่างมากต่อโลกและสิ่งแวดล้อม กลายเป็นผู้เล่นหลักในการทำลายระบบนิเวศและการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ ผลที่ตามมาของสภาพแวดล้อมที่สำคัญที่สุดของการทำฟาร์มแบบเข้มข้นคือการปล่อยก๊าซเรือนกระจก การเลี้ยงปศุสัตว์ โดยเฉพาะจากโค ทำให้เกิดก๊าซมีเทนจำนวนมาก ซึ่งเป็นก๊าซเรือนกระจกที่มีความเข้มข้นสูงที่เก็บก๊าซความร้อนในบรรยากาศได้อย่างมีประสิทธิภาพเมื่อเทียบกับคาร์บอนไดออกไซด์ ดังนั้นจึงเป็นอีกปัจจัยหลักที่ทำให้เกิดภาวะโลกร้อนและเร่งการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ ทั่วโลก การล้างพื้นที่ป่าเพื่อการเลี้ยงสัตว์หรือการปลูกพืชเชิงเดี่ยว เช่น ถั่วเหลืองและข้าวโพดเพื่อใช้เป็นอาหารสัตว์ นำเสนออีกด้านหนึ่งของการทำฟาร์มแบบโรงงานในการทำลายป่า นอกจากการลดความสามารถของโลกในการดูดซับคาร์บอนไดออกไซด์แล้ว การทำลายป่ายังทำลายระบบนิเวศและคุกคามความหลากหลายทางชีวภาพโดยการทำลายแหล่งที่อยู่อาศัยของสิ่งมีชีวิตจำนวนนับไม่ถ้วน นอกจากนี้ การทำฟาร์มแบบโรงงานยังเบี่ยงเบนทรัพยากรน้ำที่สำคัญ เนื่องจากต้องการน้ำจำนวนมากสำหรับการเลี้ยงปศุสัตว์ การปลูกพืชอาหารสัตว์ และการกำจัดของเสีย การทิ้งของเสียจากสัตว์อย่างไม่เลือกปฏิบัติทำให้แม่น้ำ ทะเลสาบ และน้ำใต้ดินปนเปื้อนด้วยสารอันตราย เช่น ไนเตรต ฟอสเฟต และสิ่งมีชีวิตที่สามารถอยู่รอดได้ นำไปสู่การปนเปื้อนของน้ำและการเกิดเขตมรณะในมหาสมุทรที่สิ่งมีชีวิตในทะเลไม่สามารถอยู่ได้ ปัญหาอีกประการหนึ่งคือการเสื่อมโทรมของดินเนื่องจากการสูญเสียธาตุอาหาร การกัดเซาะ และการแปรสภาพเป็นทะเลทรายเนื่องจากการใช้ประโยชน์ที่ดินมากเกินไปสำหรับการผลิตอาหารสัตว์ นอกจากนี้ การใช้สารกำจัดศัตรูพืชและปุ๋ยอย่างหนักยังทำลายระบบนิเวศโดยรอบซึ่งเป็นอันตรายต่อสัตว์ที่มีบทบาทในการผสมเกสร สัตว์ป่า และชุมชนมนุษย์ การทำฟาร์มแบบโรงงานไม่เพียงแต่ทำให้สุขภาพของโลกเสื่อมโทรมเท่านั้น แต่ยังเพิ่มความเครียดต่อทรัพยากรธรรมชาติ ซึ่งขวางทางความยั่งยืนของสิ่งแวดล้อม เพื่อแก้ไขปัญหาเหล่านี้ การเปลี่ยนไปสู่ระบบอาหารที่ยั่งยืนมากขึ้นเป็นสิ่งจำเป็น โดยคำนึงถึงหลักจริยธรรมสำหรับสวัสดิภาพของมนุษย์และสัตว์ และสิ่งแวดล้อมด้วย