Chăn nuôi trong trang trại là một mối nguy hại lớn đối với sức khỏe con người và nó xuất phát từ các hoạt động bất cẩn và bẩn thỉu. Một trong những vấn đề nghiêm trọng nhất là việc lạm dụng kháng sinh ở gia súc, phổ biến trong các nhà máy này để chống lại bệnh tật trong điều kiện quá đông và căng thẳng. Việc sử dụng kháng sinh mạnh mẽ này dẫn đến sự hình thành vi khuẩn kháng kháng sinh, sau đó được truyền sang người thông qua tiếp xúc trực tiếp với những con vật bị nhiễm bệnh, tiêu thụ sản phẩm bị nhiễm bệnh hoặc từ các nguồn môi trường như nước và đất. Sự lây lan của những "siêu vi khuẩn" này là một mối đe dọa lớn đối với sức khỏe toàn cầu vì nó có thể khiến các nhiễm trùng dễ dàng được điều trị trong quá khứ trở nên kháng thuốc hoặc thậm chí không thể chữa khỏi. Ngoài ra, các trang trại cũng tạo ra một môi trường hoàn hảo cho sự xuất hiện và lây lan của các mầm bệnh zoonotic - bệnh có thể được truyền từ động vật sang người. Các vi khuẩn như Salmonella, E. coli và Campylobacter là những cư dân của các trang trại bẩn thỉu, sự lây lan của chúng làm tăng khả năng tồn tại trong thịt, trứng và sản phẩm từ sữa dẫn đến các bệnh về thực phẩm và bùng phát dịch bệnh. Bên cạnh các rủi ro vi sinh, sản phẩm động vật được chăn nuôi trong trang trại thường giàu chất béo bão hòa và cholesterol, gây ra nhiều bệnh mãn tính như béo phì, bệnh tim mạch và tiểu đường loại 2. Ngoài ra, việc sử dụng hormone tăng trưởng quá mức ở gia súc đã gây ra lo ngại về sự mất cân bằng hormone cũng như các tác động sức khỏe lâu dài đối với con người tiêu thụ những sản phẩm này. Ô nhiễm môi trường do chăn nuôi trong trang trại cũng gián tiếp ảnh hưởng đến sức khỏe của các cộng đồng gần đó vì chất thải động vật có thể xâm nhập vào nước uống với nitrat và vi khuẩn nguy hiểm dẫn đến các vấn đề về đường tiêu hóa và các vấn đề sức khỏe khác. Trước đó, những nguy hiểm này nhấn mạnh sự cần thiết phải thay đổi ngay lập tức trong cách sản xuất thực phẩm để bảo vệ sức khỏe cộng đồng và khuyến khích các phương pháp nông nghiệp an toàn và bền vững hơn.