Ang biodiversity—ang malawak na lambat ng buhay na sumusuporta sa mga ecosystem at sa pag-iral ng tao—ay nasa ilalim ng walang kapantay na banta, at ang industriyal na pagsasaka ng hayop ay isa sa mga pangunahing nagtutulak nito. Ang pagsasaka sa pabrika ay nagpapasigla sa malawakang deforestation, drainage ng wetland, at pagkasira ng damuhan upang lumikha ng espasyo para sa mga hayop na nagpapastol o magtanim ng mga monoculture feed crops tulad ng soy at mais. Ang mga aktibidad na ito ay naghihiwalay sa mga natural na tirahan, nagpapalayas sa hindi mabilang na mga species, at nagtutulak sa marami patungo sa pagkalipol. Ang mga epekto ay malalim, nagpapahina sa mga ecosystem na kumokontrol sa klima, naglilinis ng hangin at tubig, at nagpapanatili ng pagkamayabong ng lupa.
Ang masinsinang paggamit ng mga kemikal na pataba, pestisidyo, at antibiotic sa industriyal na pagsasaka ay lalong nagpapabilis sa pagbaba ng biodiversity sa pamamagitan ng pagkalason sa mga daluyan ng tubig, pagpapababa ng kalidad ng lupa, at pagpapahina ng mga natural na kadena ng pagkain. Ang mga aquatic ecosystem ay partikular na mahina, dahil ang nutrient runoff ay lumilikha ng mga "dead zone" na nauubos ang oxygen kung saan ang mga isda at iba pang mga species ay hindi mabubuhay. Kasabay nito, ang homogenization ng pandaigdigang agrikultura ay sumisira sa genetic diversity, na nag-iiwan sa mga sistema ng pagkain na mas mahina sa mga peste, sakit, at mga climate shock.
Binibigyang-diin ng kategoryang ito kung paano ang pagprotekta sa biodiversity ay hindi mapaghihiwalay sa muling pag-iisip ng ating mga diyeta at mga kasanayan sa pagsasaka. Sa pamamagitan ng pagbabawas ng pagdepende sa mga produktong galing sa hayop at pagyakap sa mas napapanatiling mga sistema ng pagkain na nakabatay sa halaman, maaaring maibsan ng sangkatauhan ang mga presyur sa mga ekosistema, mapangalagaan ang mga nanganganib na uri ng hayop, at mapangalagaan ang natural na balanse na sumusuporta sa lahat ng anyo ng buhay.
Ang pagsasaka ng pabrika, o pang -industriya na agrikultura, ay lumitaw bilang isang nangingibabaw na puwersa sa paggawa ng pagkain, ngunit ang toll ng kapaligiran sa tubig at lupa ay malalim. Ang masinsinang sistema na ito ay nakasalalay sa mga input ng kemikal, antibiotics, at mga kasanayan sa monoculture na nakakagambala sa mga ekosistema at nagpapabagal sa likas na yaman. Mula sa polusyon ng mga daanan ng tubig na may runoff na mayaman sa nutrisyon hanggang sa pagod na pagkamayabong sa lupa sa pamamagitan ng labis na paggamit at pagguho, ang mga epekto ng ripple ay parehong laganap at nakababahala. Kaisa sa labis na pagkonsumo ng tubig at pagkawasak ng tirahan na nagpapabilis sa pagkawala ng biodiversity, ang pagsasaka ng pabrika ay nagdudulot ng mga mahahalagang hamon sa pagpapanatili. Ang paggalugad ng mga epekto na ito ay nagtatampok ng kagyat na pangangailangan para sa mga kasanayan sa kamalayan ng eco upang maprotektahan ang mga mahahalagang mapagkukunan ng ating planeta para sa mga henerasyon na darating
