Ang biodiversity—ang malawak na web ng buhay na nagpapanatili sa mga ecosystem at pag-iral ng tao—ay nasa ilalim ng hindi pa nagagawang banta, at ang pang-industriya na agrikultura ng hayop ay isa sa mga pangunahing driver nito. Ang pagsasaka ng pabrika ay nagpapalakas ng malakihang deforestation, wetland drainage, at pagkasira ng damuhan upang lumikha ng espasyo para sa pagpapastol ng mga hayop o upang magtanim ng mga monoculture feed crops tulad ng toyo at mais. Ang mga aktibidad na ito ay naghahati sa mga likas na tirahan, nagpapalipat-lipat ng hindi mabilang na mga species, at nagtutulak sa marami tungo sa pagkalipol. Ang mga epekto ng ripple ay malalim, nakakapagpapahina sa ecosystem na kumokontrol sa klima, nagpapadalisay sa hangin at tubig, at nagpapanatili ng pagkamayabong ng lupa.
Ang masinsinang paggamit ng mga kemikal na pataba, pestisidyo, at antibiotic sa industriyal na pagsasaka ay higit na nagpapabilis sa pagbaba ng biodiversity sa pamamagitan ng pagkalason sa mga daluyan ng tubig, nakakasira ng mga lupa, at pagpapahina ng mga natural na food chain. Ang mga aquatic ecosystem ay partikular na mahina, dahil ang nutrient runoff ay lumilikha ng oxygen-depleted na "dead zones" kung saan ang mga isda at iba pang mga species ay hindi maaaring mabuhay. Kasabay nito, ang homogenization ng pandaigdigang agrikultura ay sumisira sa pagkakaiba-iba ng genetic, na nag-iiwan sa mga sistema ng pagkain na mas mahina sa mga peste, sakit, at pagkabigla sa klima.
Binibigyang-diin ng kategoryang ito kung paano hindi mapaghihiwalay ang pagprotekta sa biodiversity sa muling pag-iisip sa ating mga diyeta at mga gawi sa pagsasaka. Sa pamamagitan ng pagbabawas ng pag-asa sa mga produkto ng hayop at pagtanggap ng mas napapanatiling, nakabatay sa halaman na mga sistema ng pagkain, ang sangkatauhan ay maaaring magpagaan ng mga panggigipit sa ecosystem, mapangalagaan ang mga endangered species, at mapangalagaan ang natural na balanse na sumusuporta sa lahat ng anyo ng buhay.
Ang pagsasaka ng pabrika, o pang -industriya na agrikultura, ay lumitaw bilang isang nangingibabaw na puwersa sa paggawa ng pagkain, ngunit ang toll ng kapaligiran sa tubig at lupa ay malalim. Ang masinsinang sistema na ito ay nakasalalay sa mga input ng kemikal, antibiotics, at mga kasanayan sa monoculture na nakakagambala sa mga ekosistema at nagpapabagal sa likas na yaman. Mula sa polusyon ng mga daanan ng tubig na may runoff na mayaman sa nutrisyon hanggang sa pagod na pagkamayabong sa lupa sa pamamagitan ng labis na paggamit at pagguho, ang mga epekto ng ripple ay parehong laganap at nakababahala. Kaisa sa labis na pagkonsumo ng tubig at pagkawasak ng tirahan na nagpapabilis sa pagkawala ng biodiversity, ang pagsasaka ng pabrika ay nagdudulot ng mga mahahalagang hamon sa pagpapanatili. Ang paggalugad ng mga epekto na ito ay nagtatampok ng kagyat na pangangailangan para sa mga kasanayan sa kamalayan ng eco upang maprotektahan ang mga mahahalagang mapagkukunan ng ating planeta para sa mga henerasyon na darating
