Fabrika çiftçiliği, insanlık için büyük bir sağlık tehdididir ve dikkatsiz ve kirli faaliyetlerden kaynaklanır. En ciddi sorunlardan biri, bu fabrikalarda yaygın olarak kullanılan ve aşırı kalabalık ve stresli koşullarda hastalıkları savuşturmak için kullanılan hayvanlarda antibiyotik aşırı kullanımüdür. Bunun yoğun kullanımı, antibiyotiklere dirençli bakterilerin oluşmasına yol açar, bu bakteriler daha sonra enfekte olanlarla doğrudan temas, enfekte ürünlerin tüketimi veya su ve toprak gibi çevresel kaynaklardan insanlara aktarılır. Bu “superbugs”un yayılması, dünyanın sağlığı için büyük bir tehdittir, çünkü geçmişte kolayca tedavi edilebilen enfeksiyonları ilaçlara dirençli hale getirebilir veya tedavi edilemez hale getirebilir. Ayrıca, fabrika çiftlikleri zoonotik patojenlerin ortaya çıkması ve yayılması için mükemmel bir ortam yaratır - hayvanlardan insanlara aktarılabilen hastalıklar. Salmonella, E. coli ve Campylobacter gibi mikroplar, kirli fabrika çiftliklerinin sakinleridir ve bunların yayılması, et, yumurta ve süt ürünlerinde bulunma olasılıklarını artırarak gıda kaynaklı hastalıklara ve salgınlara yol açar. Mikrobiyal risklerin yanı sıra, fabrika çiftçiliği yapılan hayvan ürünleri genellikle doymuş yağlar ve kolesterol bakımından zengindir, bu da obezite, kardiyovasküler hastalık ve tip-2 diyabet gibi çeşitli kronik hastalıklara neden olur. Ayrıca, hayvanlarda büyüme hormonlarının aşırı kullanımı, bu ürünleri tüketen insanlarda olası hormonal dengesizlikler ve uzun vadeli sağlık etkileri konusunda endişelere yol açmıştır. Fabrika çiftçiliği tarafından neden olunan çevresel kirlilik, yakındaki toplulukların sağlığını da dolaylı olarak etkiler, çünkü hayvan atıkları içme suyuna tehlikeli nitratlar ve bakterilerle nüfuz ederek gastrointestinal sorunlara ve diğer sağlık sorunlarına yol açar. Bunlar, gıdanın nasıl üretildiğinde acil değişiklikler yapılmasının gerekliliğini ve daha güvenli ve sürdürülebilir tarım yöntemlerinin teşvik edilmesini vurgular.