Gyvulininkystė yra didžiulis pavojus žmonių sveikatai ir tai atsiranda dėl nerūpestingo ir nešvaraus elgesio. Viena iš rimčiausių problemų yra antibiotikų per didelis naudojimas gyvuliams, kuris yra plačiai paplitęs šiose gamyklose, siekiant apsisaugoti nuo ligų perpildytomis ir stresinėmis sąlygomis. Intensyvus jo naudojimas lemia bakterijų, kurios yra atsparios antibiotikams, susidarymą, kurios vėliau perduodamos žmonėms tiesioginio kontakto su infekuotais, užkrėstų produktų vartojimo arba aplinkos šaltinių, tokių kaip vanduo ir dirvožemis, metu. Šių „superbakterijų“ plitimas yra didelė grėsmė pasaulio sveikatai, nes jis gali padaryti infekcijas, kurios buvo lengvai gydomos praeityje, atsparias vaistams arba netgi nepagydomas. Be to, gyvulininkystės fermos taip pat sukuria tinkamą klimatą zoonotinių patogenų - ligų, kurios gali būti įgytos ir perduotos nuo gyvūnų žmonėms, atsiradimui ir plitimui. Tokios bakterijos kaip Salmonella, E. coli ir Campylobacter yra nešvarios gyvulininkystės fermų gyventojai, kurių plitimas padidina jų egzistavimo galimybes mėsoje, kiaušiniuose ir pieno produktuose, dėl ko atsiranda maistu plintančios ligos ir protrūkiai. Be mikrobinių pavojų, gyvulininkystės būdu pagaminti gyvūniniai produktai dažnai būna turtingi sočiųjų riebalų ir cholesterolio, sukeldami keletą lėtinių ligų, tokių kaip nutukimas, širdies ir kraujagyslių ligos bei 2 tipo diabetas. Be to, per didelis augimo hormonų naudojimas gyvuliams sukėlė susirūpinimą dėl galimų hormonų disbalansų, taip pat ilgalaikių sveikatos poveikių žmonėms, kurie vartoja šiuos produktus. Aplinkos tarša, kurią sukelia gyvulininkystė, taip pat netiesiogiai veikia šalia esančių bendruomenių sveikatą, nes gyvūnų atliekos gali patekti į geriamąjį vandenį su pavojingais nitratais ir bakterijomis, dėl kurių atsiranda virškinimo trakto problemų ir kitų sveikatos problemų. Prieš tai, šie pavojai pabrėžia būtinybę nedelsiant keisti maisto gamybos būdą, siekiant apsaugoti visuomenės sveikatą ir skatinti saugesnius ir tvaresnius žemės ūkio metodus.